复旦大学物理二系于1959年初成立,原名原子能系,1961年并称物理二系,1977年起也称原子核科学系。建系时设有原子核物理和放射化学两个专业,并从物理系和化学系调入学生学习专业。第一届学生于1960年7月毕业。1959年9月开始按本专业招生。1986年放射化学专业拓宽并改名为应用化学专业。1987年原子核物理专业也拓宽为应用物理专业。1994年两专业分别并入物理系和化学系统一招生。本系从1962年开始招收原子核物理和放射化学两专业的研究生。1966年停招,至1978年恢复招收原子核物理和放射化学硕士生,1981年增收物理化学硕士生,1986年增收原子分子物理硕士生,1992年又增收环境化学硕士生。1982年开始招收原子核物理博士生,1984年增收物理化学博士生。1985年开始接受原子核物理和物理化学博士后。1997年7月,物理二系建制撤销,原应用物理专业改建,沿用现代物理研究所名称,教职员约40人。原应用化学专业改建,成立环境科学系,教职员约30人。
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